RECHERCHES Le génome de la flore intestinale, bientôt décrypté ?

Plusieurs pays, à l’initiative de scientifiques français, tenteront de décrypter le génome de la micro-flore intestinale, un monde toujours mystérieux dont une meilleure compréhension pourrait ouvrir la voie à de nouveaux traitements médicaux. « Notre corps contient dix fois plus de bactéries que nos propres cellules humaines », souligne Xavier Leverve, directeur scientifique de l’Institut national de la recherche agronomique (INRA), organisme à l’origine du projet. Bactéries, mais aussi levures et même virus, on connaît mal les micro-organismes qui tapissent les muqueuses de l’intestin, la plupart ne supportant pas l’oxygène et ne pouvant être cultivés en laboratoire. Leurs interactions sur la santé sont pourtant immenses, comme l’avait montré, il y a quelques années, la découverte qu’une bactérie, « helicobacter pylori », provoquait les ulcères d’estomac. L’opération chirurgicale incontournable jusqu’alors a pu ainsi être remplacée par un traitement antibiotique. L’INRA, qui dispose d’une équipe de microbiologistes réputés, a réuni fin octobre à Paris des spécialistes internationaux du séquençage génétique, médecins, industriels et organismes de recherche. Il y a été décidé la constitution d’un consortium international où l’INRA jouerait le rôle de « chef d’orchestre », indique M. Leverve à l’AFP. Outre la France, les principaux pays impliqués sont les États-Unis, le Brésil, la Chine, le Japon, la Grande-Bretagne et l’Allemagne. Chaque pays participant se débrouillera pour obtenir ses propres financements et les résultats, dont les premiers sont attendus dès la fin 2006, seront mis à un « pot commun », pour éviter de répéter les erreurs ayant entouré le décryptage du génome humain. Le projet est ambitieux : le génome complet de la flore intestinale représente dix fois celui de l’homme, et son décodage pourrait mobiliser jusqu’à la moitié des capacités mondiales de séquençage. Pour ceux de ces micro-organismes qui sont cultivables en laboratoire – la minorité –, l’objectif est d’arriver à un séquençage complet, c’est-à-dire de pouvoir épeler lettre par lettre leur alphabet génétique. Pour les autres, on obtiendra une « soupe » de gènes, à partir de l’étude de matières fécales. « Grâce à des techniques déjà rodées de comparaisons et de triage, on arrivera à reconstituer de grandes parties de génomes et à découvrir des espèces nouvelles de bactéries », précise toutefois le chercheur Dusko Ehrlich, de l’Unité de génétique microbienne de l’INRA. Chaque personne semble avoir sa propre flore intestinale. Mais l’objectif, à très long terme, serait d’établir des profils microbiens individualisés, ce qui permettrait de tester les effets de nouveaux médicaments et aliments. La première ligne de défense de l’organisme humain repose sur les « bons microbes » qui se tapissent dans ses muqueuses, ses intestins, mais aussi dans la bouche, le vagin, les poumons, la peau... Selon M. Leverve, des recherches récentes ont établi des « liens extrêmement concrets entre le contenu bactérien du système digestif et l’obésité ». On suspecte également que ces bactéries pourraient jouer un rôle en matière d’artériosclérose, de diabète et de maladies cardio-vasculaires. « La vitamine K n’est pas présente dans l’alimentation, mais elle est synthétisée par la flore intestinale. Comment ? On ne le sait pas », relève M. Leverve. Cette recherche pourrait finalement déboucher sur une meilleure compréhension des milieux comme l’eau ou les sols où vit une microflore complexe, qui sera peut-être demain l’une des principales armes de l’humanité dans sa lutte contre la pollution. PAR NADA MERHI