En revanche, l'Iran n'est pas mentionné nommément, alors que les Occidentaux souhaitaient qu'il soit montré du doigt pour être en violation de résolutions de l'ONU exigeant qu'il suspende ses activités nucléaires sensibles et prouve le caractère civil de son programme nucléaire. L'Égypte et l'Iran avaient mené campagne pour qu'Israël soit spécifiquement invité à rejoindre le TNP, ce qui signifierait que l'État hébreu renonce à son arsenal nucléaire, et pour qu'il accepte la création d'une zone sans armes nucléaires au Proche-Orient.
Un responsable américain a émis des doutes sur les chances que la conférence sur le Proche-Orient dénucléarisé voie le jour. « Je ne sais pas si la conférence aura jamais lieu », a déclaré Gary Samore, conseiller à la Maison-Blanche sur la non-prolifération, dans une conférence téléphonique depuis Washington. Les États-Unis, qui ont accepté de coparrainer cette conférence, ne veulent pas qu'elle échoue, a précisé M. Samore. Mais il a souligné que Washington ne parrainerait l'événement que « si les conditions sont réunies. » Selon M. Samore, le vice-président américain Joe Biden et le conseiller pour les Affaires de sécurité nationale, le général Jim Jones, avaient dit aux ambassadeurs arabes à Washington que s'ils insistaient pour mentionner nommément Israël dans la déclaration du TNP, cela « rendrait beaucoup plus difficile pour Israël de venir à cette conférence. »
Israël, qui s'oppose à la création d'une zone sans armes nucléaires au Proche-Orient tant que la paix n'y règne pas, n'a jamais reconnu posséder l'arme atomique. Les États non nucléaires l'accusent d'échapper injustement aux mécanismes de vérification prévus par le TNP en n'en étant pas signataire.
L'ambassadeur d'Égypte à l'ONU, Maged Abdelaziz, a salué la conférence TNP pour « avoir enclenché un processus concret de mise en œuvre de la résolution de 1995 sur le Proche-Orient ». La conférence TNP de 1995 avait pour la première fois appelé à la création d'une telle zone. Entré en vigueur en 1970, le TNP a servi de directive mondiale pour limiter la prolifération des armes nucléaires.
Le secrétaire général de l'ONU, Ban Ki-moon, a salué le « succès » de la conférence.