Fondée en 1993 par Abou Bakar Bachir, un religieux indonésien, directeur d'une école coranique de Java, et Abdullah Sungkar, un de ses compatriotes, la Jamaa islamiya a pour but la création d'un État islamique englobant la Malaisie, l'Indonésie, Singapour, le sultanat de Bruneï, le sud des Philippines, et le sud de la Thaïlande. Bachir en serait devenu « l'émir » (chef) à la mort de Sungkar en 1999 et a longtemps été considéré par les services de renseignements comme le chef spirituel du groupe. Canberra considère aussi Bachir comme le chef spirituel de la JI.
Respecté par les plus fondamentalistes des Indonésiens, Bachir avait été reconnu coupable d'avoir pris part à la « conspiration » qui a conduit aux attentats de Bali de 2002. Mais cette condamnation a été annulée en décembre 2006.
La Jamaa islamiya a pu être considérée liée à el-Qaëda, l'organisation d'Oussama Ben Laden. Elle serait organisée en petites cellules indépendantes, qui peuvent mobiliser des « soldats de base », recrutés notamment dans les écoles coraniques d'Indonésie. Ces dernières années, l'État indonésien, aidé notamment par les États-Unis et l'Australie, a cependant porté des coups sévères à la JI en arrêtant des centaines d'activistes ou sympathisants. Mais sans parvenir à mettre la main sur certains de ses leaders, comme le Malaisien Noordin Mohammad Top, cerveau présumé des attentats du Marriott de Djakarta et de celui de Bali, qui restent en fuite.
Plusieurs projets d'attentats de la JI ont été déjoués, dont certains concernant des ambassades à Bangkok et des stations balnéaires thaïlandaises.
Parmi les chefs historiques de la JI figure Riduan Isamuddin, dit Hambali, arrêté le 14 août 2003 en Thaïlande. Détenu au secret par la CIA pendant des années, il avait été transféré à Guantanamo en septembre 2006.


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