La Russie aura entretenu avec l’Alliance atlantique une relation en dents de scie depuis la dissolution du pacte de Varsovie en 1991. De 1991 à 1994, à l’époque de la « lune de miel » entre la nouvelle Russie libérale et l’Occident, l’Otan n’était pas au premier rang des préoccupations de l’équipe de Boris Eltsine. En 1994, la Russie a cependant signé sans conviction le partenariat pour la paix, proposé par l’Alliance atlantique aux anciens pays du pacte de Varsovie. Contrairement à plusieurs de ses anciens alliés, Moscou a néanmoins boudé cet accord, resté quasiment lettre morte pendant trois ans. La tension a commencé à monter cette même année, lorsque l’Alliance a annoncé son intention d’intégrer de nouveaux pays d’Europe de l’Est. Pour calmer Moscou, le secrétaire général de l’Otan de l’époque, Javier Solana, avait alors négocié un « acte fondateur Otan-Russie », finalement signé en mai 1997 à Paris, établissant théoriquement des relations privilégiées entre le Kremlin et l’Alliance. Ce pacte, qui instaurait un mécanisme de consultation permanent, a permis à Boris Eltsine de sauver la face. Le président russe qualifiait « d’erreur historique » l’élargissement de l’Otan à la Pologne, à la Hongrie et à la République tchèque, mais il pouvait dire à son opinion publique très anti-Alliance qu’il avait « un droit de regard » sur les activités de cette organisation regroupant 19 pays. L’Acte fondateur a néanmoins eu quelques résultats concrets, comme la participation d’unités russes aux manœuvres du Partenariat pour la paix, en 1998. Les Russes participent également au maintien de la paix en Bosnie-Herzégovine, dans le cadre de la Force de stabilisation (Sfor) de l’Otan, avec une unité de 1 350 hommes équipés de véhicules blindés. Mais le 26 mars 1999, deux jours après les premiers bombardements sur la Yougoslavie, Boris Eltsine prie le représentant de l’Otan de quitter Moscou et gèle tous les programmes de coopération militaire. Un an plus tard, la Russie et l’Alliance atlantique renouent leurs relations bilatérales et leur Conseil permanent conjoint reprend ses activités. Mais les responsables et les médias russes soulignent que le rôle de cet organisme est purement symbolique. Le 15 décembre 2000, l’Otan et la Russie décident le retour à Moscou du représentant de l’Alliance atlantique, marquant ainsi le réchauffement de leurs relations. Il n’empêche, l’intention annoncée par les trois États baltes, d’anciennes républiques soviétiques, de rejoindre l’Otan, jette un froid en Russie. Tout change réellement après les attentats du 11 septembre aux États-Unis. Le président Poutine adopte alors une position résolument pro-occidentale et Washington lui en sait gré. Et l’Otan, quasiment absente au démarrage de « l’opération antiterroriste » en Afghanistan, semble connaître quelques problèmes de positionnement dans l’après-guerre froide. Finalement, en décembre 2001, à Bruxelles, les 19 pays membres de l’Otan et la Russie décident de lancer des négociations pour créer un nouveau Conseil Otan-Russie. Ce dernier, symbolisant leur rapprochement après le 11 septembre et tournant la page de la guerre froide, a été approuvé mi-mai à Reykjavik par les chefs de la diplomatie des 19 pays de l’Otan et de la Russie.
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