"L'ordre, de façon très claire, doit être restauré, la stabilité doit être restaurée, les droits doivent être protégés (...) et le pays doit être capable de reprendre le cours normal des choses", a-t-il déclaré lors d'une conférence de presse à Amman.
Tout en se disant "inquiet des arrestations politiques", M. Kerry a souligné qu'il était "beaucoup trop tôt pour faire des déclarations ou juger dans quelle direction (le pays) va aller".
M. Morsi a été déposé par l'armée le 3 juillet, après des manifestations monstres réclamant son départ.
Un gouvernement de transition, reflétant les diverses composantes de l'opposition laïque, a prêté serment mardi.
Mais les Frères musulmans, dont M. Morsi est issu, ont déclaré qu'ils ne reconnaissaient "ni légitimité, ni autorité" à ce gouvernement, qu'ils accusent d'avoir été installé à la faveur d'un coup d'État militaire contre le premier président librement élu.
Leurs partisans restent mobilisés, notamment dans la capitale.
Depuis le 3 juillet, plus d'une centaine de personnes sont mortes à travers le pays dans des affrontements.
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