"Les récents événements d'Alexandrie qui ont endeuillé l'Egypte montrent qu'aucun pays, quels que soient ses efforts en matière de sécurité, ne peut s'estimer à l'abri du fanatisme", a-t-elle déclaré dans une allocution devant la communauté française.
Cet attentat commis dans la nuit du Nouvel an a fait 21 morts devant une église copte orthodoxe de la deuxième ville d'Egypte. Il n'a pas été revendiqué, mais les autorités égyptiennes évoquent la piste d'Al-Qaïda.
"Il est temps d'appeler ensemble au respect mutuel de toutes les religions monothéistes", a-t-elle déclaré, en indiquant que ce sujet était "un des enjeux" de sa visite au Caire.
"Il est temps de réaffirmer ensemble notre attachement à la liberté religieuse, à la liberté de conscience, au libre exercice de culte", a-t-elle poursuivi.
Mme Alliot-Marie, qui effectue une tournée au Moyen-Orient, doit rencontrer samedi le président Hosni Moubarak et le ministre des Affaires étrangères Ahmed Aboul Gheit.
La ministre avait, après cet attentat, demandé à l'UE de travailler à une position coordonnée sur la question de la sécurité des chrétiens d'Orient.
Le président français Nicolas Sarkozy a pour sa part dénoncé le 7 janvier "ce qui ressemble de plus en plus à un plan particulièrement pervers d'épuration religieuse" au Moyen-Orient, à propos des violences à l'encontre des communautés chrétiennes.
Le Caire de son côté qualifié ces derniers jours "d'ingérence inacceptable" les prises de position étrangères en faveur d'un renforcement de la sécurité des chrétiens d'Egypte -pour la plupart des Coptes qui représentent 6 à 10% de la population- estimant que cette question relevait de sa seule souveraineté.
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