Dans un rapport intitulé « Les (més)aventures d'el-Qaëda dans la Corne de l'Afrique », les chercheurs du « Combating Terrorism Center » de l'académie militaire américaine de West Point estiment que « l'anarchie qui règne en Somalie dont on pourrait croire qu'elle sert les desseins d'el-Qaëda se révèle pour el-Qaëda aussi problématique que pour les organisations occidentales cherchant à aider la Somalie ». Les auteurs de cette étude, rédigée à partir de 27 documents internes à el-Qaëda saisis par l'armée américaine et déclassifiés, estiment que « les terroristes étrangers trouvent que ces zones reculées (...) sont des environnements relativement inhospitaliers et éprouvants, et non des sanctuaires ». « Leurs récits sont remplis de plaintes à propos de la nourriture, de l'eau non potable, des abris inconfortables, de la chaleur, des maladies, des insectes, des véhicules défectueux et des mauvais pneus ».
L'intervention éthiopienne a provoqué un sursaut nationaliste, qui a renforcé notamment les shebab, un groupe d'islamistes radicaux qui ont pris la tête d'une insurrection meurtrière depuis 2006. Depuis, les candidats au jihad venus de l'étranger ont été repérés en plus grand nombre dans le pays. Mais, estime le chercheur français Roland Marchal, un des meilleurs spécialistes de la région, « comme souvent en Somalie, la réalité est beaucoup plus nuancée et contradictoire ». « Il y a certes des chefs de shebab qui jouent un rôle de coordination avec les étrangers et el-Qaëda, mais il y a aussi une grande partie de l'organisation qui a beaucoup de sympathie pour leurs thèses mais se tient en dehors », ajoute-t-il. « Il y a en Somalie une vraie dimension nationaliste, voire xénophobe, qui fait que les gens ne sont pas prêts à suivre des ordres venus de l'étranger ». Les shebab sont le plus souvent « des gens qui veulent continuer à faire la guerre au nouveau président, mais qui ne sont pas dans un univers intellectuel qui est celui du jihadisme global », ajoute Roland Marchal. Sans oublier « qu'il y a une mobilisation des religieux pour soutenir Cheikh Sharif... Et ça, c'est difficile à contrer ».

