La grève, à l'appel du syndicat Verdi, débutera jeudi à 03H00 (02H00 GMT) et se poursuivra jusqu'à 00H00 (23H00 GMT).
Une première grève d'avertissement avait eu lieu lundi matin dans les deux aéroports de la capitale allemande, Tegel et Schönefeld entraînant l'annulation d'une cinquantaine de vols.
L'ampleur des perturbations que devrait entraîner ce deuxième débrayage n'était pas encore connue mercredi matin.
Verdi, qui représente 23.000 agents de sécurité aéroportuaire dans le pays, souhaite que les salaires soient portés à 20 euros de l'heure, contre un salaire autour de 17 euros actuellement.
L'association fédérale des compagnies de sécurité aérienne (BDLS) a de son côté proposé des augmentations de salaire allant de 2 à 8,1%.
Les prochaines négociations entre Verdi et la BDLS doivent se tenir le 23 janvier.
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