Les relations entre la Turquie et Israël, liés depuis 1996 par un accord de coopération militaire, sont au plus bas depuis le raid. Des spécialistes qui formaient l'armée turque sur l'utilisation de drones de fabrication israélienne figureraient parmi les employés rappelés de Turquie. Mais il s'agit d'une « mesure temporaire », a assuré la responsable, soulignant que le contrat pour la fourniture de 10 drones Heron à l'armée turque n'avait pas été annulé, contrairement à des informations des média turcs. « Les affaires continuent, nous n'avons rien entendu sur une annulation du contrat », a-t-elle dit à l'AFP. Une source d'Elbit Systems, autre entreprise de défense israélienne impliquée dans le contrat, a aussi assuré que le contrat n'avait pas été affecté.
Les deux pays ont signé en 2005 un accord de plusieurs millions de dollars pour la fourniture de dix drones aux forces aériennes turques. Israël n'a jusque-là livré que huit des dix appareils, les retards étant dus à des raisons techniques ou diplomatiques. Le contrat faisait partie d'un projet d'une valeur de 185 millions de dollars portant également sur la fabrication de 10 avions, d'équipements de surveillance et de stations de contrôle terrestre.