Le champ d'intérêt général de la bibliothèque est le Moyen-Orient, de la préhistoire jusqu'à présent. Les disciplines couvertes sont : l'archéologie, les religions, l'islamologie, la théologie, l'histoire, la philosophie, la linguistique, la littérature et l'art. Les collections sont dans les principales langues européennes, avec le français en priorité ; le tiers du fonds est en arabe.
Des chantiers de conservation et de restructuration sont menés depuis 2000 afin de préserver au mieux ce fonds précieux, qui comprend 200 000 titres, et 2000 périodiques, notamment des éditions fort anciennes de chroniqueurs et voyageurs orientaux et occidentaux, de poètes et penseurs arabes et une collection presque complète de journaux et revues remontant au début de la presse arabe à Beyrouth et au Caire dans la deuxième moitié du XIXe siècle. Cette collection constitue un héritage fondamental et une source privilégiée pour écrire l'histoire de cette période très agitée qui voit la fin de la domination ottomane et la création des États dans la région.
La BO possède aussi un fonds de 3 500 manuscrits qui contient l'une des plus grandes collections de manuscrits arabes chrétiens réunis en un seul endroit, un apport inestimable pour connaître les pratiques scientifiques dans le monde arabe médiéval ainsi que l'histoire et le rôle des chrétiens d'Orient, transmetteurs de la science grecque à la civilisation arabo-musulmane classique.
Enfin, ce qui caractérise également la BO, c'est une photothèque contenant environ 50 000 documents photographiques, représentant plusieurs fonds, dont le fonds Poidebard, père jésuite pionnier de l'archéologie aérienne.

