Valide jusqu'en juillet, la Constitution intérimaire adoptée en 2005 à la fin de la guerre entre le Nord, majoritairement musulman, et le Sud, en grande partie chrétien, reconnaît le caractère « multiethnique », « multiculturel » et « multiconfessionnel » de l'État soudanais. Selon le dernier recensement, 520 000 Sud-Soudanais, en majorité chrétiens, vivent dans le Nord. Les Sudistes estiment toutefois leur nombre à environ 1,5 million. À ces Sudistes chrétiens s'ajoute une minorité copte, concentrée à Khartoum, et des poches de chrétiens dans les Monts Nouba et dans l'État du Nil Bleu. Mais alors que l'indépendance du Sud semble inéluctable, M. Bachir a promis qu'il allait faire de la charia « l'unique source de la Constitution ». M. Bchir a également indiqué que les Sud-Soudanais seraient considérés comme des étrangers dans le Nord après une éventuelle partition.
Officiellement, les responsables chrétiens disent ne pas être inquiets et rappellent qu'ils vivent sous la charia depuis son instauration en 1983 par le président de l'époque, Jaafar al-Noumeyri. « Nous ne nous attendons pas à ce que la charia soit utilisée d'une manière qui nuise » aux non-musulmans, affirme l'évêque copte de Khartoum, Anba Elia. Mais certains craignent de devoir se faire encore plus discrets, alors qu'ils estiment déjà être traités comme des citoyens de « seconde zone ». Les chrétiens se plaignent en effet de discriminations, la construction d'églises étant par exemple limitée. Hafez Ramses Hakim, responsable de l'administration de trois églises, dont celle de Mar Girgis, affirme ne pas craindre pour sa communauté mais n'écarte pas que la présence chrétienne se réduise comme peau de chagrin.
Certains pensent toutefois que les déclarations de M. Bachir sur la charia ont un autre but. « C'est un message indirect aux États-Unis. Le raïs veut dire à Washington : "Si vous persistez à ne pas vouloir lever les sanctions contre le Soudan, voilà la direction dans laquelle on ira, celle de l'extrémisme" », soutient un responsable copte. Mais pour le professeur en sciences politiques al-Tayeb Zein al-Abdine, le pouvoir est juste « à la recherche de nouveaux slogans » dans cette période difficile. Le discours de M. Bachir « n'est rien d'autre qu'une réaction enflammée à la sécession. Et même si la Constitution est amendée, sur le terrain, rien ne changera », assure-t-il.


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