Les médias officiels et l'aile dure du régime ont salué « un professeur révolutionnaire devenu martyr », ou un « professeur hezbollahi » (militant islamique). Ils ont accusé les États-Unis et Israël d'avoir commandité l'attentat contre ce scientifique de haut niveau, impliqué dans le programme nucléaire iranien que les Occidentaux tentent en vain de stopper depuis plusieurs années. À l'appui de cette thèse, des proches de M. Ali Mohammadi ont souligné ses liens étroits avec les gardiens de la révolution (pasdaran), fer de lance idéologique et militaire des forces armées iraniennes, pour lesquels il semble avoir travaillé plus de 20 ans, jusqu'en 2003. Il continuait d'ailleurs à enseigner à l'université Imam Hossein des pasdaran à Téhéran, selon le Bassidj, la milice islamique qui a salué en lui un « professeur bassidji ». Cette université est présentée par l'opposition iranienne en exil comme l'un des endroits où s'élaborerait un programme nucléaire militaire dont Téhéran a toujours démenti l'existence.
L'opposition a toutefois multiplié les témoignages affirmant que M. Mohammadi, révolutionnaire convaincu, avait basculé en sa faveur. Plusieurs sites Internet ont relevé que M. Mohammadi avait signé, avant le scrutin présidentiel du 12 juin qui a vu la réélection du président Mahmoud Ahmadinejad, une pétition d'universitaires en faveur de son principal rival, Mir Hossein Moussavi. Le scientifique avait également signé une lettre d'enseignants de l'université de Téhéran condamnant la répression « immorale et illégale » des manifestations étudiantes contre la réélection de M. Ahmadinejad, selon le site d'opposition Rahesabz, qui publie ce document. « Massoud (Ali Mohammadi) faisait partie des fidèles à la révolution islamique et à l'imam Khomeyni », a expliqué Ahmad Shirzad, ancien député réformateur et professeur de physique nucléaire, dans une lettre publiée par les médias. « Ces deux dernières années, il s'est rapproché du mouvement réformateur, a-t-il poursuivi. Lors de la dernière élection il a sérieusement soutenu le candidat des réformateurs (M. Moussavi) et envoyait notamment des SMS. » « Il m'a raconté que ses étudiants lui avaient demandé s'ils devaient participer » à une manifestation contre la réélection du président Ahmadinejad. « Il leur a répondu : "Je ne sais pas quel est notre devoir. Mais en ce qui me concerne, j'y participe", et alors les étudiants l'ont ovationné. »
Loin de cette image de scientifique engagé, le président de la faculté de physique de l'université de Téhéran, Ali Moghari, a affirmé que Massoud Ali Mohammadi, physicien « mondialement connu », n'avait « aucune activité politique ». « Massoud enseignait la physique théorique, publiait des articles et n'avait pas beaucoup de temps pour le reste », a confirmé un de ses amis d'enfance, le cinéaste Shahabeddin Farrokhyar, sur le site conservateur modéré Ayandenews.
« Nous avions reçu au cours des derniers jours des informations très claires selon lesquelles les services de renseignements du régime sioniste, avec l'aide de la CIA (américaine), cherchaient à perpétrer des actions terroristes à Téhéran », a déclaré le président du Parlement, Ali Larijani. Il a accusé les États-Unis et Israël d'avoir décidé de « recourir à l'élimination physique des savants iraniens » après « l'échec » de leurs tentatives pour arrêter le programme nucléaire par des sanctions économiques et des menaces de frappes. « Ces actions terroristes ne donneront aucun résultat et le peuple iranien défendra avec plus de détermination ses acquis nucléaires », a-t-il estimé. M. Larijani s'en est aussi pris violemment au président américain, Barack Obama. De « son slogan pour le changement, il ne reste plus qu'une vieille image de va-t-en guerre et de terroriste », a-t-il lancé. Il a accusé le Mossad et la CIA d'avoir cherché à camoufler leur action derrière un groupe monarchiste, Takavaran Tondar, basé aux États-Unis. Ce groupe a revendiqué brièvement l'attentat sur son site Internet, avant de démentir.
Le chef de la police de Téhéran, Azizollah Rajabzadeh, a déclaré qu'aucun « suspect » n'avait été arrêté pour le moment dans cette affaire, selon l'agence Fars. Les obsèques de M. Ali Mohammadi doivent avoir lieu ce matin.

