Bernard Kouchner est attendu dans la capitale mauritanienne vers 17H00 GMT (même heure locale), a précisé cette source à l'AFP.
Il doit immédiatement rencontrer le président mauritanien Mohamed Ould Abdel Aziz avant de partir dans la soirée pour le Mali.
Les entretiens de MM. Aziz et Kouchner tourneront autour de la "coopération entre Nouakchott et Paris en matière de sécurité et des moyens de faire face aux défis qui menacent la sécurité des personnes et de la Mauritanie", a-t-on précisé.
Le président français Nicolas Sarkozy avait annoncé lundi la visite de Bernard Kouchner, après l'exécution samedi du Français Michel Germaneau, 78 ans, qui était détenu par Al-Qaïda du Maghreb depuis avril.
Son exécution a suivi l'échec jeudi d'un raid franco-mauritanien contre une unité d'Aqmi dans le désert malien pour le libérer.
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