"Nous appelons les autorités israéliennes à faire preuve de retenue et à mener une enquête approfondie concernant cet incident", a déclaré le porte-parole du chef de la diplomatie européenne, Catherine Ashton.
"L'UE est attristée et préoccupée" par la mort de ces deux Palestiniens, a-t-il ajouté.
Moatassem Adwane, 22 ans, et Ali Khalifa, 23 ans, ont été tués par des tirs de militaires qui procédaient à des arrestations dans le camp de Kalandia, situé près de la route reliant Ramallah à Jérusalem.
Selon des témoins, les soldats ont ouvert le feu à la suite de jets de pierres de Palestiniens.
Cinq soldats israéliens ont été blessés pendant ces incidents, selon un porte-parole de l'armée israélienne.
"La police militaire a ouvert une enquête, dont les conclusions seront transmises au procureur militaire", s'est bornée à indiquer l'armée israélienne.
En avril, l'armée israélienne avait annoncé qu'elle ouvrirait désormais une enquête sur la mort de tout civil palestinien tué par ses forces en Cisjordanie, renouant avec la pratique antérieure au début de l'Intifada en 2000.
Cette décision, approuvée par le chef d'état-major, le général Benny Gantz, et notifiée à la Cour suprême, était motivée par la réduction des situations de combat en Cisjordanie, avait expliqué le procureur militaire Avihai Mandelblit ajoutant qu'elle ne "s'appliquait pas à la bande de Gaza, où l'activité de l'armée israélienne comporte des éléments manifestes de combat".
Les plus commentés
Le Liban n'a pas besoin d'argent, mais d'une décision politique pour renvoyer les migrants syriens, tacle Bassil
Écran noir pour Al-Jazeera en Israël
Le médecin britanno-palestinien Ghassan Abou Sitta, venu témoigner de la situation à Gaza, refoulé en France