Des chercheurs français sont parvenus à reconstituer une partie du génome de la hyène des cavernes, une espèce préhistorique depuis longtemps disparue, à partir de ses seuls excréments, confirmant du même coup sa proche parenté avec la hyène tachetée actuelle. Les scientifiques du Commissariat à l’énergie atomique (CEA) ont aussi découvert dans ces crottes fossilisées l’ADN de cerfs rouges, dont se nourrissaient les hyènes des cavernes, démontrant que ces excréments anciens constituent un gisement d’informations sur les carnivores préhistoriques.
Les premières analyses ADN sur des restes d’animaux disparus (os, dents, poils, etc) ont été menées dès 1984, sur un quagga, une espèce de zèbre éteinte à la fin du XIXe siècle. Mais il aura fallu attendre 2001 pour obtenir le premier génome complet d’une espèce éteinte, les moas, oiseaux géants de Nouvelle-Zélande qui ont disparu vers l’an 1500. Les récents progrès de la génétique et du calcul informatique ont permis depuis lors d’accumuler des données de plus en plus précises et de décrypter des génomes beaucoup plus anciens, par exemple celui du mammouth ou de l’homme de Neandertal, à partir de leurs restes.
À ce titre, les « coprolithes », fossiles d’excréments minéralisés, sont particulièrement intéressants pour les paléontologues puisqu’ils renferment à la fois l’ADN de leur propriétaire et celui de ses aliments. Mais cet ADN ancien reste particulièrement difficile à exploiter, le processus de digestion ajoutant encore à la dégradation des séquences génétiques liée au passage du temps. Pour cette raison, aucune analyse ADN de coprolithes remontant au Pléistocène moyen ou supérieur (voici 780 000 ans à 11 000 ans environ) n’avait été entreprise jusqu’à présent.
Les chercheurs du CEA ont relevé le défi en commençant par collecter neuf crottes fossilisées sur le sol de la Grotte Coumère, en Ariège (sud-ouest de la France), attribuées à des hyènes des cavernes (Crocuta crocuta spelaea), un animal très répandu en Eurasie au Pléistocène. Sur ces neuf échantillons, ils en ont retenu deux qui paraissaient particulièrement riches en ADN exploitable, explique l’étude, publiée mercredi dans la revue britannique Proceedings of the Royal Society B.
Les résultats d’analyses plus poussées ont montré que ces crottes appartenaient à deux hyènes distinctes. Et la comparaison du génome ainsi extrait avec celui des hyènes modernes « a établi sans aucun doute possible le lien de parenté proche entre la hyène des cavernes et la hyène tachetée » (Crocuta crocuta), qui vit encore aujourd’hui dans la savane africaine. Malgré d’importantes différences anatomiques et de taille entre les deux espèces, « le génome de la hyène des cavernes ne présente que 115 différences avec la séquence génétique de la hyène tachetée », souligne l’étude, dirigée par Jean-Marc Elalouf, de l’Institut de biologie et de technologies de Saclay. « La distance génétique entre la hyène des cavernes et la hyène tachetée est remarquablement plus faible que celle qui sépare les différentes espèces de la famille des hyènes » actuelles, ajoutent les biologistes français.
Au total, près de 50 % de l’ADN trouvé dans les deux échantillons peut être attribué à une hyène des cavernes, un taux de fiabilité qui rivalise avec celui des restes d’animaux préhistoriques préservés dans les glaces : 40 % pour une dent d’ours polaire et 55 % pour un os de mammouth, par exemple. Par comparaison, les échantillons de dents ou d’ossements provenant de cavernes préhistoriques, où le gel n’a pas contribué à préserver l’ADN, contiennent habituellement moins de 6 % d’ADN animal ou humain, relève l’étude.
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