Amnesty International a ainsi dénoncé l'impunité qui a fait suite à la guerre civile et affirmé qu'« aucune mesure n'a été prise pour tenter de résoudre la question des atteintes aux droits humains durant la guerre de 1975 à 1990 ». Elle a également observé qu'« aucun participant à la guerre ayant opposé en 2006 Israël et le Hezbollah n'a été traduit en justice pour des violations graves au droit international humanitaire ».
L'organisation affirme que « les allégations de torture et de mauvais traitements infligés aux détenus n'ont fait l'objet d'aucune enquête indépendante ». Elle précise qu'un groupe de défense des droits humains « a fourni une liste de 27 cas de mort en détention depuis 2007, dont 15 en 2008 ». Elle mentionne « les tortures en détention de la majorité des 316 membres et sympathisants présumés de Fateh el-Islam » à la suite des affrontements de Nahr el-Bared.
Amnesty International évoque également « l'utilisation excessive de la force », précisant que « lors de la manifestation du 27 janvier, sept manifestants ont été tués apparemment par des soldats libanais et des individus non identifiés ».
L'organisation constate aussi que « les employées de maison étrangères n'étaient pas suffisamment protégées, risquant l'exploitation et la maltraitance, risquant aussi d'être victimes de sévices psychologiques, physiques et sexuels ». Elle affirme que « 45 personnes au moins sont mortes de causes non naturelles », précisant que « beaucoup d'entre elles se seraient suicidées ou auraient fait une chute mortelle alors qu'elles tentaient de s'enfuir ». Elle ajoute que « les autorités n'ont, dans la plupart des cas, ordonné aucune enquête sérieuse sur ces décès ou sur les mauvais traitements qui auraient pu les provoquer ».
Concernant les réfugiés et demandeurs d'asile, Amnesty International souligne que « plusieurs centaines de milliers de réfugiés palestiniens continuent d'être victimes de discrimination ». Elle constate toutefois que « 2 500 réfugiés palestiniens avaient reçu des papiers temporaires leur permettant de bénéficier des droits dont ils étaient auparavant exclus » et que « 50 000 demandeurs d'asile irakiens ont reçu des cartes de séjour ».
Alors que « 40 prisonniers étaient sous le coup d'une sentence capitale », « aucune condamnation à mort n'a été prononcée au cours de l'année 2008 et aucune exécution n'a eu lieu », dit le rapport. Amnesty International observe que « le ministre de la Justice a annoncé en octobre qu'il avait soumis au Conseil des ministres un texte de loi visant à abolir la peine capitale ».